Pri historickom formovaní samotnej obce i hradu zohrali dôležitú úlohu nielen krásna príroda, ale aj strategická poloha na križovatke krajinských ciest. Počiatky osídlenia Kapušian a okolia siahajú do mladšej fázy obdobia staršej doby kamennej - paleolitu, asi 100 tisíc až 15 tisíc rokov pred Kristom.

Vznik a rozšírenie hrnčiarskej výroby sa spája s neolitickým osídlením. Keramika sa najprv vyrábala ručne bez hrnčiarskych kruhov a vypaľovala sa pri ohni. Neskôr sa na vypaľovanie stavali malé pece.

Od polovice 3. tisícročia až do roku 1800 pred Kristom sa kvalitatívne odlišný vývinový stupeň prejavuje novými prvkami, pričom na prvom mieste je meď. Postupne dochádza k osídľovaniu vyšších polôh. Mení sa aj pohrebný rítus. Kostrové pochovávanie vystriedali žiarové hroby, nad ktorými hlavne v mladšom období sú navŕšené mohyly. Počas doby sťahovania národov (4.- 6. Storočie po Kristovi) pravdepodobne obývali dnešný chotár ľudia z doby rímskej. Významné nálezisko bolo objavené priamo pri Kapušanoch, medzi Nemcovcami a Lipníkmi pri pravom brehu potoka Ladzinka. Odkryli tu 21 objektov obytného i hospodárskeho charakteru.

Po zániku Veľkej Moravy sa napriek uctievaniu pohanských bohov udržali v okolí Kapušian misijné stanice z 10. - 12. storočia, z ktorých sa šírilo a udržiavalo kresťanstvo. Po pripojení Košickej kotliny k Uhorskému štátu Uhri považovali za štátnu hranicu hlavný hrebeň Karpát, ale i napriek tomu si v Šariši vytvorili tzv. obrannú hranicu. Svoje stráže usadili i v katastri dnešných Kapušian. Novej osade dali názov Kapy vo význame brána (kapu). V dokladoch sa Kapušany uvádzajú ako villa Kapy, Capi, Kapy, Kopy, possesio Kopy in comitatu Saris, possesio Kopy, possesio Kapy a opidium Kapi. Dnešný názov má obec od roku 1773.

Obec leží pri križovatke krajinských ciest. Z cesty od Prešova do Bardejova sa tu oddeľovala vetva tiahnúca sa na východ od údolia Tople. V 12. storočí sa pri Kapušianskej bráne vyberalo mýto. Od platenia boli oslobodení poddaní kláštora Križovníkov v neďalekom Chmeľove a mešťania z Hanušoviec.

Už v 14. storočí sa v obci konali trhy každú stredu. Začiatkom roku 1410 boli Kapušany v kráľovskej kancelárii charakterizované ako mestečko. V roku 1418 sa Andrej de Kapy zaslúžil, že kráľ Žigmund povolil jarmok aj na sviatok sv. Martina, aj každú ďalšiu nedeľu. Hlavným zamestnaním obyvateľov bolo roľníctvo. V 15. a 16. storočí tu žilo niekoľko rodín remeselníkov a dokonca aj jeden zlatník. V roku 1600 stálo v Kapušanoch 55 obytných poddanských domov. Ak predpokladáme, že v jednom dome žilo 6 ľudí, tak v obci žilo 330 obyvateľov. Koncom 16. storočia tu už stál kostol, fara, krčma, škola a mlyn. V 70-tych rokoch 18. storočia bol zavedený tereziánsky urbár, ktorého platnosť nastala v  roku 1772 a jeho zavedením sa zmenili druhy povinností poddaných. Pribudlo síce platenie daní, ale znížil sa počet pracovných dní. Urbár platil nielen pre poddaných, ale aj zemepánov. Platnosť jeho ustanovení trvala do zrušenia poddanstva v roku 1848. V roku 1786 sa uskutočnilo prvé sčítanie obyvateľstva. Kapušany mali 628 obyvateľov a 94 domov. Začiatkom 19. storočia tu žilo 946 obyvateľov, ktorí obývali 139 domov. 

Nad obcou sa vypína zrúcanina stredovekého hradu. Asi 400 metrov od hradu našiel Juraj Macák zaujímavé nálezy: železný šíp a železnú strelku. Spolu s archeológmi došli k záveru, že na tom mieste muselo existovať staré hradisko z 9. - 10. storočia. Hrad vznikol ešte pred tatárskym vpádom v rokoch 1240 - 1241. Pôvodne bol nazývaný Maglovec, neskôr ako Tubul. Prvým majiteľom hradu bol rod Maglod, ktorý vymrel roku  1300. V roku 1347 sa hrad spomína ako "locus castri Magloch" a v roku 1410 ako "castrum Kapi alio nomine Magloch". V roku 1312 kráľovské vojsko hrad dobylo. Vtedy ho spravoval kastelán Henrich. Kráľovský obranný hrad zostal po r. 1312 zničený a opustený. Neskôr sa majiteľom hradu stal Peter Poharus a po jeho smrti r. 1409 znovu pripadol kráľovi. Ten ho 2. marca 1410 daroval Andrejovi de Teten, ktorý si osvojil nové meno Kapy. V roku 1453 kráľ Ladislav odníma právo ku majetku a teda i ku hradu Jánovi de Kapy. Roku 1537 hrad dobyl Leonard Vets. Krátko po tom sa v Kapušanoch narodil Gabriel de Kapy ml. Ako 27-ročný sa stal svedkom toho, ako thőkőlyovské vojská hrad dobyli, ale generál Schultz ho prinavrátil späť rodine Kapyovcov. Vdova po Gabrielovi de Kapy Eva Gergelakyová v roku 1712 dala hrad opäť postaviť. O tri roky je hrad z rozhodnutia uhorského snemu svojou majiteľkou podpálený. Do roku 1918 hrad vlastnil rod Kapyovcov. V dnešnej dobe zostali z hradu len ruiny.

Po 2. svetovej vojne v roku 1949 bol v obci založený Notársky úrad a v tom istom roku bol zavedený aj elektrický prúd. V roku 1959 vzniklo celoobecné JRD. Budova pošty bola dokončená v roku 1966. V tom isto roku bola v obci zriadená polícia (VB). V roku 1970 prebehla oprava kostola a parku. V roku 1972 sa polícia presťahovala do novej budovy, kde sídli dodnes. V roku 1978 sa začína činnosť zdravotného strediska, do prevádzky sa dáva Benzinol. Stavba mäsiarstva začala roku 1984. Po revolúcii v roku 1989 vzniká v obci celoštátna organizácia VPN.  V roku 1992 pokračovala plynofikácia, ako aj výstavba vodovodu, vyasfaltovli sa ulice a v roku 1993 bol daný do prevádzky Dom smútku.

Na športovom poli bol v roku 1995 významnou udalosťou postup miestneho futbalového mužstva do V. ligy. Zároveň v tom istom roku bola zmenšená kostolná záhrada a vybudované pekné námestie s oddychovou pešou zónou.

V roku 1996 bola začatá stavba čističky odpadových vôd. Hrubá stavba bola dokončená roku 1997. V roku 1999 sa pokračovalo vo vybudovaní kanalizácie. Čistička slúži nielen pre Kapušany, ale aj pre Ladu, Šarišskú Porubu, Trnkov a Okružnú, tiež pre Slovnaft.